События «Аркейн» разворачиваются в двух контрастных мирах — сверкающем Пилтовере и ядовитом Зауне. Первый — олицетворение науки, порядка и престижа, второй — дом беззакония, химии и опасностей, скрывающийся внизу под городом. Баланс между этими мирами нарушается, когда в Пилтовере совершают научный прорыв, дающий возможность контролировать магическую силу. В то же время в подземном Зауне появляется смертоносный наркотик, меняющий людей на уровне ДНК.
На фоне социальной и технологической революции разворачивается история двух сестёр, Вай и Джинкс. Они выросли вместе в трущобах, но судьба развела их по противоположным путям. Вай становится борцом за порядок, а Джинкс теряет рассудок, поддавшись внутренней боли и одиночеству. Их история — это не только борьба между городами, но и попытка понять, кем они стали, и есть ли ещё шанс что-то изменить.